Santorini hefur einnig vakið talsverða athygli fyrir sjóinn. Þegar þú heimsækir svæðið er sniðugt að bóka leiðangra til að kynnast því betur. Athinios-höfnin er tilvalinn staður til að heimsækja á meðan á ferðinni stendur. Það er fjölmargt meira að skoða á svæðinu, þar á meðal eru Kamari-ströndin og Þíra hin forna.
